不过有关新规定被指违反伊斯兰教及犹太教传统屠宰牲畜规条，而引起宗教自由和动物权益的新一轮争论。
欧盟法律规定所有牲畜在被屠宰前，必须以电击等方式使牲畜失去意识。
伊斯兰的清真(halal)和犹太教的洁食(kosher)均规定「牲畜被宰时必须完全健康」，但电击令牲畜失去意识，因而被视为违反规条。在清真和洁食规定下，屠夫在屠宰牲畜时，需于牲畜颈喉处一刀切断动脉，令牲畜在数秒内断气。支持者指此屠宰方式相较其他方式对动物造成更少痛苦，而非更多。
大部分欧盟成员国允许以宗教为由申请豁免。不过，法兰德斯省新规定不再允许宗教豁免。其余不允许宗教豁免的欧盟成员国还包括瑞典、挪威、冰岛、丹麦和斯洛文尼亚。
人道屠宰得到动物权益组织和右翼势力大力推广，但少数宗教团体担心有人借以动物权益为名打压宗教自由。法兰德斯省的新规定，最先由右翼人士提出，然后得到动物权益人士支持。
比利时动物权益组织「全球动物权益行动」(Global Actioin in the Interest of Animals)负责人格雷夫(Ann de Greef)坚持，以电击等方式使牲畜失去意识与伊斯兰或犹太教教规无冲突，更批评两教希望活在未有电击等方法的中世纪。她指在比利时，法律凌驾宗教，不会改变。
比利时人口约1,100万，当中约有50万伊斯兰教徒和超过3万犹太人。新规定实施后，教徒如要遵守其宗教规定，将要购买价钱较昂贵的进口肉类，长远甚至可能造成肉类供应短缺。
伊斯兰教及犹太教团体已入禀比利时宪法法院，希望取消新规定。
有当地伊斯兰教领袖指政府在推出法例前曾征询宗教人士意见，他们亦表明反对，但动物权益团体势力明显占优，令他们有更大话语权。
