不過有關新規定被指違反伊斯蘭教及猶太教傳統屠宰牲畜規條，而引起宗教自由和動物權益的新一輪爭論。
歐盟法律規定所有牲畜在被屠宰前，必須以電擊等方式使牲畜失去意識。
伊斯蘭的清真(halal)和猶太教的潔食(kosher)均規定「牲畜被宰時必須完全健康」，但電擊令牲畜失去意識，因而被視為違反規條。在清真和潔食規定下，屠夫在屠宰牲畜時，需於牲畜頸喉處一刀切斷動脈，令牲畜在數秒內斷氣。支持者指此屠宰方式相較其他方式對動物造成更少痛苦，而非更多。
大部分歐盟成員國允許以宗教為由申請豁免。不過，法蘭德斯省新規定不再允許宗教豁免。其餘不允許宗教豁免的歐盟成員國還包括瑞典、挪威、冰島、丹麥和斯洛文尼亞。
人道屠宰得到動物權益組織和右翼勢力大力推廣，但少數宗教團體擔心有人藉以動物權益為名打壓宗教自由。法蘭德斯省的新規定，最先由右翼人士提出，然後得到動物權益人士支持。
比利時動物權益組織「全球動物權益行動」(Global Actioin in the Interest of Animals)負責人格雷夫(Ann de Greef)堅持，以電擊等方式使牲畜失去意識與伊斯蘭或猶太教教規無衝突，更批評兩教希望活在未有電擊等方法的中世紀。她指在比利時，法律凌駕宗教，不會改變。
比利時人口約1,100萬，當中約有50萬伊斯蘭教徒和超過3萬猶太人。新規定實施後，教徒如要遵守其宗教規定，將要購買價錢較昂貴的進口肉類，長遠甚至可能造成肉類供應短缺。
伊斯蘭教及猶太教團體已入稟比利時憲法法院，希望取消新規定。
有當地伊斯蘭教領袖指政府在推出法例前曾徵詢宗教人士意見，他們亦表明反對，但動物權益團體勢力明顯佔優，令他們有更大話語權。
